21世紀是生命科學的世紀。隨著人類基因組計劃的完成，人類蛋白質組研究成為生命科學乃至自然科學領域重大的科學命題。為了引領生命科學發展潮流，推動我國蛋白質組研究的發展，整合國內優勢資源，提高國際競爭實力，2004年6月30日，由軍事醫學科學院、中國科學院、中國醫學科學院、清華大學、北京大學、江中集團及北京生物技術和新醫藥產業促進中心共同創建北京蛋白質組研究中心。2005年10月29日，中心入駐中關村生命科學園。
